Windows版LAMMPSのインストールで、よくある不具合と対応策は以下となります。

-----
(a) 最新版のインストーラに不具合があり、環境変数が設定されないことがある。
　⇒手動で下記の環境変数を設定する。
　【ユーザー環境変数】
　　変数名：PATH
　　変数値：末尾に以下を追加
        　　;[LAMMPSインストールフォルダ]\bin
　　　　     (例) ;C:\Program Files\LAMMPS 64-bit 20151116\bin

　【システムの環境変数】
　　変数名：　LAMMPS_POTENTIALS
　　変数値：　以下を設定。
　　　　　　　C:\[LAMMPSインストールフォルダ]\Potentials
　　　　      (例) C:\Program Files\LAMMPS 64-bit 20151116\Potentials

(b) LAMMPSのアンインストーラを使用せずにアンインストールした場合、環境変数が残っていることがある。
　⇒下記の環境変数に前回の設定が残っていないことを確認する。
　　　　 ユーザー環境変数: PATH
         システムの環境変数: LAMMPS_POTENTIALS

(c) LAMMPS最新版のバグのために動作しないことがある。
　⇒旧バージョンをhttp://rpm.lammps.org/windows.htmlからダウロードし、インストールする
　　使用するノートパソコンが64-bitの場合は、
　　　　"64-bit Windows download area" をクリックし、旧バーションのインストーラをダウンロード
　　使用するノートパソコンが32-bitの場合は、
　　　　"32-bit Windows download area" をクリックし、旧バーションのインストーラをダウンロード
-----